Preview

Креативная хирургия и онкология

Расширенный поиск

Экстракция малых РНК из биологических жидкостей человека для последующего секвенирования нового поколения

https://doi.org/10.24060/2076-3093-2019-9-1-80-86

Полный текст:

Аннотация

Существует ряд вопросов при выборе методик для экспериментов, связанных с секвенированием нового поколения (Next-Generation Sequencing). С одной стороны, во время работы с экстракцией РНК добавленные реагенты и их остатки часто могут ингибировать чувствительные химические вещества, с помощью которых осуществляется последовательный синтез для секвенирования. С другой, обработка данных с применением различного программного обеспечения для анализа результатов также может влиять на результаты секвенирования. Текущая работа будет описывать поэтапно, как готовятся образцы из биологических жидкостей человека для последующего секвенирования малых РНК, в частности некодирующих. Что касается способов экстракции или изоляции РНК, мы обнаружили, что малый выход РНК может быть значительно увеличен, по методу изоляции тотальной РНК и ее фракций, включенных в набор MirVana PARIS Kit от Ambion, при специальном подходе и модификации этапа органической экстракции. По сравнению с другими методиками поставляемые с имеющимися в продаже наборами на момент этой работы требуют только одной органической экстракции. Эта простая, но, как оказалось, весьма полезная модификация позволяет получить доступ к ранее недоступному материалу. Потенциальными преимуществами этой модификации являются более полное профилирование малых РНК, а также более широкий доступ к небольшим объемам образцов, как правило, доступ к биологическим жидкостям человека, которые могут быть приготовлены для секвенирования РНК на платформе Illumina.

Об авторах

О. А. Бейлерли
Башкирский государственный медицинский университет
Россия

Бейлерли Озал Арзуман оглы — аспирант кафедры урологии с курсом ИДПО 

450008, Уфа, ул. Ленина, 3



А. Т. Бейлерли
Башкирский государственный медицинский университет
Россия

Бейлерли Аферин Таги кызы — клинический ординатор 2-го года обучения кафедры акушерства и гинекологии № 1

450008, Уфа, ул. Ленина, 3



И. Ф. Гареев
Башкирский государственный медицинский университет
Россия

Гареев Ильгиз Фанилевич — аспирант кафедры нейрохирургии и медицинской реабилитации с курсом ИДПО 

450008, Уфа, ул. Ленина, 3



Список литературы

1. Baudhuin L.M. Quality guidelines for next-generation sequencing. Clin Chem 2013;59:858–9. DOI: 10.1373/clinchem.2013.203091

2. Castel S.E., Martienssen R.A. RNA interference in the nucleus: roles for small RNAs in transcription, epigenetics and beyond. Nature. 2013;14:100–12. DOI: 10.1038/nrg3355

3. Fire A., Xu S., Montgomery M.K., Kostas S.A., Driver S.E., Mello C.C. Potent and specific genetic interference by double-stranded RNA in Caenorhabditis elegans. Nature. 1998;(391):806–11. DOI: 10.1038/35888

4. O`Brien J., Hayder H., Zayed Y., Chun Peng. Overview of MicroRNA biogenesis, mechanisms of actions, and circulation. Front Endocrinol (Lausanne). 2018;9:402. DOI: 10.3389/fendo.2018.00402

5. Wang H., Zhong J., Chai Z., Zhu J., Xin J. Comparative expression profile of microRNAs and piRNAs in three ruminant species testes using next-generation sequencing. Reprod Domest Anim. 2018;53(4):963– 70. DOI: 10.1111/rda.13195

6. Schee K., Lorenz S., Worren M.M., Günther C.C., Holden M., Hovig E. et al. Deep sequencing the microRNA transcriptome in colorectal cancer. PLoS One. 2013;8:e66165. DOI: 10.1371/journal.pone.0066165

7. Chana G., Bousman C.A., Money T.T., Gibbons A., Gillett P., Dean B. et al. Biomarker investigations related to pathophysiological pathways in schizophrenia and psychosis. Front Cell Neurosci. 2013;7:95. DOI: 10.3389/fncel.2013.00095

8. Liu L., Wang J., Khanabdali R., Kalionis B., Tai X., Xia S. Circular RNAs: Isolation, characterization and their potential role in diseases. RNA Biol. 2017;14(12):1715–21. DOI: 10.1080/15476286.2017.1367886

9. Lekchnov E.A., Zaporozhchenko I.A., Morozkin E.S., Bryzgunova O.E., Vlassov V.V., Laktionov P.P. Protocol for miRNA isolation from biofluids. Anal Biochem. 2016;499:78–84. DOI: 10.1016/j.ab.2016.01.025

10. Burgos K.L., Javaherian A., Bomprezzi R., Ghaffari L., Rhodes S., Courtright A. et al. Identification of extracellular miRNA in human cerebrospinal fluid by next-generation sequencing. RNA. 2013;5:712–22. DOI: 10.1261/rna.036863.112

11. Sun Z., Shi K., Yang S., Liu J., Zhou Q., Wang G. et al. Effect of exosomal miRNA on cancer biology and clinical applications. Mol Cancer. 2018;17(1):147. DOI: 10.1186/s12943-018-0897-7

12. Anfossi S., Babayan A., Pantel K., Calin G.A. Clinical utility of circulating non-coding RNAs — an update. Nat Rev Clin Oncol. 2018;15(9):541–63. DOI: 10.1038/s41571-018-0035-x

13. Amini P., Ettlin J., Opitz L., lementi E., Malbon A., Markkanen E. An optimised protocol for isolation of RNA from small sections of laser-capture microdissected FFPE tissue amenable for next-generation sequencing. Mol Biol. 2017;18(1):22. DOI: 10.1186/s12867-017-0099-7

14. Majem B., Li F., Sun J., Wong D.T. RNA sequencing analysis of salivary extracellular RNA. Methods Mol Biol. 2017;1537:17–36. DOI: 10.1007/978-1-4939-6685-1_2

15. Gautam A., Kumar R., Dimitrov G., Hoke A., Hammamieh R., Jett M. Identifi ation of extracellular miRNA in archived serum samples by nextgeneration sequencing from RNA extracted using multiple methods. Mol Biol Rep. 2016;43(10):1165–78. DOI: 10.1007/s11033-016-4043-6

16. Acosta A.M., Al Rasheed M.R.H., Pins M.R., Borgen K.R., Panchal D., Rogozinska M. et al. The role of next-generation sequencing in the differential diagnosis of composite neoplasms. Hum Pathol. 2018;81:7888. DOI: 10.1016/j.humpath.2018.06.022


Для цитирования:


Бейлерли О.А., Бейлерли А.Т., Гареев И.Ф. Экстракция малых РНК из биологических жидкостей человека для последующего секвенирования нового поколения. Креативная хирургия и онкология. 2019;9(1):80-86. https://doi.org/10.24060/2076-3093-2019-9-1-80-86

For citation:


Beylerli O.A., Beylerli A.T., Garaev I.F. Extracting Small RNAs from Human Biological Fluids for Subsequent Next-Generation Sequencing. Creative surgery and oncology. 2019;9(1):80-86. (In Russ.) https://doi.org/10.24060/2076-3093-2019-9-1-80-86

Просмотров: 182


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2076-3093 (Print)
ISSN 2307-0501 (Online)